Comment restaurer son microbiote intestinal ?
Le microbiote intestinal désigne l’ensemble des micro-organismes qui vivent dans notre tube digestif : principalement des bactéries, mais également des virus, des champignons et d’autres micro-organismes.
Chaque personne possède un microbiote qui lui est propre. Sa composition évolue au cours de la vie et peut notamment être influencée par l’alimentation, certains médicaments – en particulier les antibiotiques –, les maladies ou encore les changements de mode de vie.
On entend souvent parler de « restaurer », « refaire » ou « rééquilibrer sa flore intestinale ». En réalité, il n’existe pas un microbiote « idéal » qu’il faudrait chercher à reconstituer à l’identique. En revanche, certaines habitudes, notamment alimentaires, peuvent favoriser la diversité et le bon fonctionnement de cet écosystème.
Alors, que sait-on aujourd’hui du microbiote intestinal et comment peut-on en prendre soin ?
Comment favoriser un microbiote intestinal diversifié ?
Il n’existe pas de méthode permettant de « remettre à zéro » ou de reconstruire parfaitement son microbiote.
En revanche, l’alimentation constitue aujourd’hui l’un des leviers les mieux identifiés pour agir sur l’environnement dans lequel vivent les micro-organismes intestinaux.
Les besoins et la tolérance digestive étant différents d’une personne à l’autre, un accompagnement nutritionnel peut aider à faire évoluer progressivement son alimentation, notamment pour diversifier les sources de fibres et les adapter à ses habitudes et à sa tolérance digestive.
Découvrir notre accompagnement en nutrition à Genève
Donner une place importante aux fibres
Une partie des fibres alimentaires n’est pas digérée dans l’intestin grêle et arrive jusqu’au côlon, où elle peut être utilisée par certaines bactéries du microbiote.
On retrouve des fibres notamment dans :
- les légumes ;
- les fruits ;
- les légumineuses ;
- les céréales complètes ;
- les fruits à coque et les graines.
Plutôt que de rechercher un aliment miracle pour le microbiote, l’enjeu est donc surtout de favoriser une alimentation diversifiée et suffisamment riche en végétaux.
Une augmentation importante des fibres peut cependant entraîner des ballonnements ou des inconforts digestifs chez certaines personnes. Leur introduction peut alors être progressive et adaptée à la tolérance individuelle.
Varier les aliments
La diversité alimentaire permet d’apporter différents types de fibres et de nutriments aux micro-organismes intestinaux.
Il n’est donc pas nécessaire de rechercher un aliment particulier censé « refaire la flore ». La diversité de l’alimentation compte davantage qu’un aliment pris isolément.
Faire une place aux aliments fermentés
Yaourt, kéfir, certaines préparations de légumes fermentés ou autres aliments fermentés peuvent apporter des micro-organismes vivants.
Mais aliment fermenté et probiotique ne sont pas synonymes : tous les aliments fermentés ne contiennent pas nécessairement des micro-organismes vivants au moment où ils sont consommés, et leur consommation ne garantit pas qu’ils coloniseront durablement l’intestin.
À quoi sert le microbiote intestinal ?
Le microbiote intestinal ne participe pas uniquement à la digestion. Les micro-organismes qui le composent interagissent en permanence avec notre organisme.
Ils interviennent notamment dans :
- la dégradation de certains composants alimentaires que notre organisme ne peut pas digérer seul ;
- la production de différents métabolites, notamment à partir des fibres alimentaires ;
- le fonctionnement de la barrière intestinale ;
- le développement et la régulation du système immunitaire ;
- la protection vis-à-vis de certains micro-organismes pathogènes.
Qu’est-ce qui peut modifier le microbiote intestinal ?
Le microbiote est relativement stable à l’âge adulte, mais il n’est pas figé. Plusieurs facteurs peuvent en modifier la composition, de façon temporaire ou plus durable.
L’alimentation
Ce que nous mangeons constitue l’un des principaux facteurs sur lesquels nous pouvons agir. La quantité et la diversité des fibres consommées influencent notamment les ressources disponibles pour les bactéries intestinales.
Les antibiotiques
Les antibiotiques agissent sur les bactéries responsables d’une infection, mais peuvent également toucher certaines bactéries du microbiote intestinal.
Après un traitement, le microbiote possède généralement une capacité de récupération. Cette récupération varie cependant considérablement d’une personne à l’autre et selon l’antibiotique utilisé, la durée ou la répétition des traitements.
Il n’existe donc pas de délai universel au terme duquel la flore intestinale serait entièrement « reconstituée ».
Les maladies et certains traitements
Une maladie, certains médicaments ou des modifications importantes du mode de vie peuvent également influencer la composition du microbiote.
C’est l’une des raisons pour lesquelles il faut être prudent avec la notion de « dysbiose » : observer un microbiote différent ne permet pas toujours de déterminer ce qui relève de la cause, de la conséquence d’une maladie ou simplement des variations normales entre individus.
Notre microbiote intestinal a-t-il évolué avec nos modes de vie ?
Notre microbiote n’est pas uniquement influencé par ce que nous mangeons aujourd’hui. Il s’inscrit également dans l’évolution de nos modes de vie.
Des recherches comparant les microbiotes de populations vivant dans des sociétés industrialisées et non industrialisées mettent en évidence des différences importantes de composition et de diversité microbienne. Certaines espèces présentes dans des populations au mode de vie traditionnel sont notamment devenues rares, voire absentes, dans les populations industrialisées.
Plusieurs facteurs sont étudiés pour expliquer ces différences : alimentation moins riche en fibres, transformation des aliments, utilisation des antibiotiques, hygiène, environnement ou encore urbanisation.
Ces observations ne permettent toutefois pas de conclure que le microbiote de nos ancêtres était « meilleur » ou qu’il faudrait chercher à le reproduire. Elles montrent surtout à quel point nos modes de vie façonnent l’écosystème intestinal.
Des travaux récents étudient d’ailleurs la possibilité de favoriser certaines caractéristiques perdues du microbiote par une alimentation davantage inspirée des régimes non industrialisés, notamment plus riche en végétaux et en fibres.
Prébiotiques et probiotiques : quelle différence ?
Les deux termes sont souvent confondus.
Les prébiotiques sont des substances utilisées par certains micro-organismes de l’intestin et susceptibles d’apporter un bénéfice pour la santé. Certains types de fibres possèdent notamment cet effet.
Les probiotiques sont des micro-organismes vivants qui, administrés en quantité adéquate, peuvent apporter un bénéfice pour la santé.
Mais parler « des probiotiques » comme s’il s’agissait d’un produit unique est trompeur. Leurs effets dépendent notamment de la souche – ou de l’association de souches –, de la dose et de l’indication étudiée.
Deux compléments indiquant « probiotiques » sur leur emballage peuvent donc avoir une composition très différente. Lorsqu’un bénéfice a été démontré pour une souche précise, cela ne signifie pas qu’un autre produit contenant une autre souche aura le même effet.
La qualité d’un complément ne se juge donc pas uniquement au nombre de bactéries annoncé ou au nombre de souches présentes : il est notamment important de savoir quelles souches il contient et si celles-ci ont été étudiées pour l’usage recherché.
Faut-il prendre des probiotiques avec des antibiotiques ?
C’est ici que la réponse mérite d’être nuancée.
Certaines souches probiotiques ont montré un intérêt dans la prévention des diarrhées associées à la prise d’antibiotiques, chez l’adulte comme chez l’enfant. C’est notamment pour cette raison que des probiotiques peuvent être proposés parallèlement à une antibiothérapie.
Cela ne signifie toutefois pas que tous les probiotiques sont efficaces, ni qu’ils permettent systématiquement de « restaurer la flore intestinale » après les antibiotiques.
Le bénéfice observé dépend notamment des souches étudiées, de la situation et du moment auquel elles sont administrées.
Chez la plupart des personnes en bonne santé, les probiotiques sont généralement bien tolérés. Ils ne sont cependant pas totalement dénués de risques et une prudence particulière est nécessaire chez certaines personnes fragiles, sévèrement malades ou immunodéprimées.
La bonne question n’est donc pas seulement « faut-il prendre des probiotiques ? », mais plutôt : quelle souche, dans quelle situation et avec quel objectif ?
En résumé : peut-on vraiment « restaurer » son microbiote ?
Notre microbiote évolue tout au long de la vie et possède une certaine capacité de récupération. Il n’existe toutefois pas aujourd’hui de méthode permettant de reconstruire un microbiote « idéal » ou identique à celui que nous avions auparavant.
Les connaissances actuelles permettent en revanche d’identifier plusieurs leviers pour favoriser un environnement propice à un microbiote diversifié :
- privilégier une alimentation variée et riche en végétaux ;
- apporter différentes sources de fibres en les adaptant à sa tolérance digestive ;
- intégrer des aliments fermentés dans une alimentation équilibrée ;
- utiliser les antibiotiques lorsqu’ils sont médicalement indiqués et respecter leur prescription ;
- choisir les probiotiques en fonction des souches et de l’objectif recherché plutôt que sur une promesse générale de « rééquilibrage de la flore ».
Lorsque modifier son alimentation seul est difficile ou que des troubles digestifs compliquent l’augmentation des fibres et la diversification alimentaire, un accompagnement en nutrition peut permettre de construire progressivement une alimentation adaptée à ses besoins et à sa tolérance.
Le microbiote est un écosystème complexe : plutôt que de rechercher une solution unique pour le « restaurer », l’enjeu est surtout de prendre soin de l’environnement qui lui permet de se développer et de se diversifier.
Article rédigé par : Caroline Vogt, Philippe Lavigne, Nathalie Favre-Coutillet et Marie-Anne Geiser
Article mise à jour le 29.09.2026
Sources et références utilisées
- Inserm – Microbiote intestinal (flore intestinale) : rôle du microbiote, composition, facteurs influençant son équilibre et état des connaissances. Inserm – Microbiote intestinal
- Inserm – Microbiote : que valent vraiment les tests et les compléments alimentaires ? : limites actuelles des tests commerciaux et des promesses de « rééquilibrage » du microbiote. Inserm – Tests et compléments alimentaires
- World Gastroenterology Organisation – Probiotics and Prebiotics : définitions, souches probiotiques, indications étudiées et importance d’une approche spécifique à chaque souche. WGO – Probiotics and Prebiotics
- Nature Reviews Microbiology – The microbiota of the human body: from diversity to function : diversité du microbiote et différences observées selon les modes de vie et les populations. Nature Reviews Microbiology
- Assurance Maladie – Les fibres alimentaires : rôle et principales sources alimentaires de fibres. Ameli – Les fibres alimentaires
Un aperçu rapide des sujets abordés dans cet article.
Derniers articles
octobre 9, 2026
octobre 9, 2026
